این موزه در بازار مسگری و ضلع شمالی میدان گنجعلیخان، مکانی که روزگاری به عنوان ضرابخانه از آن استفاده و سکه های عصر صفوی در آن ضرب می شد قرار دارد. این ضرابخانه تا روزگار قاجار نیز مورد بهره برداری بود. ضرابخانه‌ها محلی برای ساخت سکه بوده‌اند، به این شکل که پس از ذوب فلزات، آن‌ها را در قالب‌های مخصوص می‌ریختند تا نقش مورد نظرشان روی سکه حک شود. گاهی بدون استفاده از قالب و تنها با استفاده از پتک و یا چکش مخصوص، عمل حک شدن نقش مورد نظر بر روی سکه انجام می‌شده است. این روش تا قبل از دوره قاجاریه در ایران کاربرد داشت و پس از ناصرالدین شاه، ضرب سکه با روش‌های جدید در ایران رایج شد. اصلی‌ترین تزئین داخلی بنا را گچ‌بری‎ها تشکیل می‌دهند. بالای گنبدِ بلندِ ضرابخانه‌ی گنجعلی خان، یک عمارت کلاه فرنگی قرار گرفته که باعث می‌شود مقدار زیادی نور به داخل ساختمان ضرابخانه گنجعلی خان راه پیدا کند. حوض مربعی شکلی درست زیر نورگیر قرار گرفته که انعکاس نور بر آن، جلوه زیبایی بخشیده است. رنگ اخرایی آجرها نیز زیبایی خاصی به داخل بنا بخشیده است. پلان این ضرابخانه، مربعی شکل است و قوس‌های تیزه دار و طاقنمای ضربیش از جمله ویژگی‌های معماری آن به شمار می‌آید. پیدا شدن سکه‌های مسی و قطعاتی فلزی که از آن برای ضرب سکه استفاده می‌شد در هنگامی بازسازی بنا ادعای ضرابخانه بودنش را تائید کرد.